新中国成立后，何泽慧全身心地投入中科院近代物理研究所的创建工作。由她具体领导的研究小组，在十分简陋的条件下开展工作，经过几年努力，于1956年研制成功性能达到国际先进水平的原子核乳胶。1973年，她倡导和全力支持开展交叉学科的研究，推动了中国宇宙线超高能物理及高能天体物理研究的起步和发展。她和同事从无到有、从小到大地发展了高空科学气球，并相应发展了空间硬x射线探测技术及其他配套技术。

1980年，何泽慧当选为中科院数学物理学学部委员，也就是如今的院士。耄耋之年，她仍然坚持全天上班，关心中国高能物理和核物理事业的发展。直到2000年，何泽慧依然每周还要坚持几次到高能所上班。

“对国家有益的，我就做。”正如何泽慧所说，她的人生，将自己的全部献给了中国的科研事业。